В древней Капотне коптили рыбу
Первые поселения района возникли ещё в железном веке
Село Капотня впервые упомянуто в завещании московского князя Ивана Калиты, которое датируется 1336 годом: «Се далъ есмь сыну своему болшему Семену село Копотеньское». Местные жители ловили и коптили рыбу, поэтому предположительно название села происходит от слова «коптить», выращивали на не самых плодородных глинистых землях зерновые и овощные культуры.
По мнению археологов, первые поселения на территории нынешней Капотни возникли ещё в железном веке. Городище того времени состояло из домов, напоминающих общежития: несколько комнат с глиняными очагами. Стены домов делали из обмазанного глиной плетня, двускатная крыша опиралась на деревянные столбы, а вместо пола был песок.
В Средние века Копотенское (Капотненское) село стало вотчиной Николо-Угрешского монастыря, и крестьянам пришлось платить немалый монастырский оброк. Налоги росли, и в 1756 году в Капотне случился крестьянский бунт против монастырского игумена Иллариона, который для подавления восстания вызвал солдат.
В XIX веке Капотня стала богатеть. В 1882 году товарищество Московского пароходства выкупило часть земель для строительства шлюза и плотины на Москве-реке, промышленник Герасим Блудов открыл кирпичное производство, в Чагине заработали два торфяных завода. В Капотне появилась земская школа, в которой учились и дети из соседних деревень.
Храм Рождества Пресвятой Богородицы в Капотне построен в 1860-70 годах в русско-византийском стиле. При советской власти богослужения запретили, купола демонтировали, а здание использовалось как складское и производственное помещение. Лишь в 1991 году началось возрождение православной святыни: главы над храмом и колокольней построены заново, собраны три иконостаса, при храме открылась воскресная школа для взрослых.
На старинном кладбище, расположенном по соседству с храмом, похоронены воины, умершие от ран во время отступления русской армии после Бородинского сражения в 1812 году.
В 1904 году над юго-восточными окраинами Москвы пронёсся сокрушительный ураган, уничтоживший село Чагино, но в топонимике его название сохранилось. Чагино возродилось при советской власти как рабочий посёлок строящегося нефтеперерабатывающего завода.